Page 29 - Fen Lisesi Biyoloji 12 | 1. Ünite

1. Genden Proteine Genden Proteine 1.
Ünite Ünite

ç) Jel Elektroforez Tekniği
Jel elektroforezi, saflaştırılmış nükleik asit ve proteinlerin molekül ağırlığı, miktarı ve alt tiplerinin saptanmasın-
da yaygın olarak kullanılan moleküler bir inceleme yöntemidir. En çok kullanılan jel elektroforezi yöntemleri, aga-
roz jel elektroforezi ve poliakrilamid jel elektroforezidir. Nükleik asitler için genellikle agaroz jel, proteinler için
ise poliakrilamid jel elektroforezi kullanılmaktadır. Poliakrilamid jel elektroforezi hemen hemen tüm protein tipleri-
nin analizinde uygulanabilmektedir. Elektroforetik analiz, elektriksel bir alanda ve ortamda çözünmüş moleküllerin
elektrik yüklerine göre göç etmeleri prensibine dayanır. Büyük moleküller jel üzerinde yürümekte zorluk çekerken
küçük moleküller daha hızlı ve rahat hareket edebilir. Molekülün anoda (+ kutup) ya da katoda (- kutup) doğru ha-
reket etmesi, molekül üzerindeki net yük ile belirlenir. DNA ve RNA molekülleri, serbest fosfat gruplarından dolayı
eksi yüklü moleküllerdir. Bu nedenle jel üzerinde katottan anoda doğru hareketlenirler. Protein molekülleri üzerlerin-
de hem artı hem de eksi yükler taşıdıkları için üzerlerindeki net yük miktarı ortamın pH’si değiştirilerek istenirse artı,
istenirse eksi hâle getirilebilir. Mesela ortam pH’sinin 5’ten büyük olduğu durumlarda proteinler, eksi yüklenirler ve
jel üzerinde anoda doğru hareketlenirler. Bu göç hızı molekülün büyüklüğüne, yapısına, ortamın yoğunluğuna, iyonik
kuvvete ve uygulanan akıma bağlı olarak değişmektedir. Kullanılan molekülün jel üzerindeki yerini belirlemek için
ortamda UV ışığı altında floresan etki gösteren etidyum bromürün (EB) veya benzeri bir ışıyıcı maddenin bulunması
gerekmektedir.
Elektroforez deneyleri tampon çözeltileri içinde yapılır. Bunun iki temel nedeni vardır. Birinci neden akımın
geçişini sağlamak için ortamın elektrolit miktarını artırmaktır. İkinci nedense ortamın pH’sinde meydana gelebilecek
radikal değişimlere izin vermemektir.
Agaroz jel hazırlama aşamaları
• Agaroz jel tankının hazırlanması (Görsel 1.53/A),
• Agaroz jelin jel tankına dökülmesi (Görsel 1.53/B),
• Tarağın jel tankına dökülen agaroz jelin başlangıç noktasına yerleştirilmesi (Görsel 1.53/C),
• DNA örneklerinin agoroz jel içerisindeki tarakla açılan bölümlere otomatik pipet yardımıyla yerleştirilmesi (Gör-
sel 1.53/Ç),
• Jel tankının yürütme kabına yerleştirilmesi, voltajın ayarlanması ve elektroforeze başlanması (Görsel 1.53/D-E),
Jel tankı yürütme işleminden sonra görüntüleme cihazına konularak görüntünün elde edilmesi sağlanır.

A B C

Ç D E
G

Görsel 1.53: Agaroz jel hazırlama aşamaları

41